Des extra-terrestres à l'apparence de spectres répondant au nom de Noo ont débarqué sur Terre. Tadashi Daiba fait leur rencontre, chez lui, alors qu'ils viennent de tuer son père. Tandis qu'ils s'apprêtent à s'en prendre au jeune homme, celui-ci est sauvé in extremis par Herlock, le pirate de l'espace disparu depuis 20 ans. Il lui propose de le rejoindre à bord de son vaisseau spatial, l'Arcadia dont il a retrouvé l'équipage. Débute dès lors le combat de ce duo contre les Noo, alors que la Terre disparaît, frappée par un étrange rayon provenant de l'espace. 

Dernière série en date consacrée au célèbre corsaire de l'espace, The Endless odyssey est réalisée par les studios Madhouse et est orchestrée par Rintarô, (Metropolis), déjà à la barre de la première série d'Herlock, Uchu Kaizoku Captain Harlock. On retrouve Nobeturu Yuuki (Escaflowne) au chara-design ainsi que Sadayuki Murai (Perfect Blue) au script. Plus sombre que son aînée, The Endless Odyssey basée sur l'oeuvre du légendaire mangaka, Leiji Matsumoto se déroule 20 ans après celle-ci. La nouvelle série s'attarde beaucoup plus sur la personnalité du mythique pirate balafré. Grâce à un scénario profond et à une animation sans faille, les dernières aventures du pirate raviront les fans de la première heure comme ceux qui ne connaissent pas encore ses exploits interstellaires.