Revenus sous la tutelle de leur ancien professeur d'alchimie, l'exubérante Izumi, les frères Elric vont découvrir l'origine des homonculus. Mais, exaspérée par le désir effréné des deux jeunes alchimistes de trouver la pierre philosophale, Izumi va renvoyer ses anciens étudiants à leur quête. Séparés par des ravisseurs, c'est seuls qu'ils affronteront les prochains obstacles de leur voyage. La mort sera-t-elle leur seul chemin vers des retrouvailles ?