Ce soft nous plonge dans un futur proche et on y suit les péripéties de Shou Kasugai et Yoko Tachibana, deux agents de l'unité spéciale militaire S.E.A.L.E.D, alors qu'ils doivent mener l'enquête sur l'apparition d'une mystérieuse tour liée à The Ed, un terroriste ne désirant qu'une chose : Anéantir le monde...