Naruto continue son entrainement afin d'avoir une maitrise parfaire du chakra de Kyûbi, mais cela n'est pas sans risque, et est loin d'être facile. Pendant ce temps, l'alliance des shinobi se déploie sur tous les fronts afin de contrer l'offensive menée par Kabuto et Madara. Grâce à sa technique de réincarnation des âmes, Kabuto ressuscite de nombreux ninjas légendaires tel que : les sept anciens spadassins de Kiri, les deux frères démons Ginkaku et Kinkaku, Hanzo la salamandre, ou encore les anciens Kage de Suna, Kiri, Iwa et Kumo. Les ninjas de l'alliance vont devoir faire preuve de courage et d'une grande volonté pour venir à bout de leurs ennemis...