Suite à la menace que représentent les Variants et à l’apparition de portails menant à une dimension parallèle nommée l’Abysse, le gouvernement a mis en place une fondation spéciale pour enquêter sur ces mystérieux phénomènes : la Code Physics Agency.

Le Xth squad, un groupe de jeunes gens modifiés grâce à la technologie de l’agence, doit maintenant éviter des pièges, affronter de terribles monstres et enquêter sur les origines de l’Abysse.