Black Rock Shooter est la rencontre de deux destins, entrelacés et partagés entre deux mondes : celui de deux lycéennes, Mato et Yomi. Amies malgré leurs différences, elles sentent qu'un lien mystérieux et puissant les unit, sans savoir comment.

Pendant ce temps, dans un monde parallèle, deux créatures étranges s'affrontent violemment sous le regard amusé d'une mystérieuse créature : Deadmaster et Black Rock Shooter, une fille aux cheveux noirs et au regard bleu.