Depuis, la gestion de la situation a été transférée au MNU (Multi-National United), une société privée qui n'a pas grand-chose à faire du sort de ces créatures, mais qui fera d'énormes bénéfices si elle arrive à faire fonctionner leur extraordinaire armement. Jusqu'à présent, toutes les tentatives ont échoué : pour que les armes marchent, il faut de l'ADN extraterrestre. 

La tension entre extraterrestres et humains atteint son maximum lorsque le MNU commence à évacuer les non-humains du District 9 vers un nouveau camp, en envoyant des agents de terrain s'occuper de leur transfert. 

L'un de ces agents, Wikus van der Merwe, contracte un virus extraterrestre qui se met à modifier son ADN. Wikus est à présent l'homme le plus recherché de la planète, celui qui vaut plus qu'une fortune : il est la clé qui permettra de percer le secret de la technologie alien.Repoussé, isolé, sans aide ni amis, il ne lui reste qu'un seul endroit où se cacher : le District 9...