Le système de combat mixant action et tour par tour ne demande pas uniquement de choisir les bonnes compétences, mais aussi de se positionner de manière stratégique.

Les joueurs constituent leur équipe à l'aide des classes traditionnelles de Etrian Odyssey, tel que le Landsknecht ou le Runemaster, les personnalisent grâces aux arbres de compétences typiques de la série, puis partent explorer les donjons à quatre.

Ces derniers sont intégralement aléatoires et comptent plusieurs niveaux et trajets à explorer afin d'obtenir de précieux butins.

À vous de prévoir ce qui pourrait vous attendre dans les donjons et de vous y préparer.