Fin du XIXème siècle. Dans un monde parallèle où règne l'alchimie, Edward et Alphonse Elric perdent leur mère. Les deux jeunes prodiges vont tenter de la ramener à la vie grâce à leur savoir. Leur tentative de résurrection tourne dès lors au désastre... Débute alors les aventures de ce duo fraternel qui grimpera très rapidement les échelons de l'alchimie d'Etat, dans le but de retrouver la pierre philosophale dont le pouvoir leur permettrait de retrouver leurs corps d'origine, voire de ressusciter leur mère...