Ce jeu de rôles classique refait surface avec un nouveau look, d'innombrables aventures et des combats héroïques. 30 ans après les deux premiers épisodes de cette série, le jeu reprend là où il s'était arrêté. A la fin de Golden Sun : L'âge perdu, les héros avaient réussi à ramener le pouvoir du Golden Sun dans le monde de Weyard pour le sauver. Depuis lors, cet incroyable pouvoir a quasiment tout changé. Les continents se sont déplacés. De nouveaux pays ont émergé. De nouvelles espèces ont fait leur apparition. Mais ce monde court à présent un nouveau danger. Les Vortex de Psynergie, aspirant la Psynergie élémentaire de la terre et des Adeptes pratiquant l'Alchimie, se propagent dans le monde entier. La nouvelle génération de héros, descendants de ceux des jeux précédents, se plonge donc dans l'épais mystère qui entoure ces Vortex, dans un monde chaotique en proie à un nouveau péril.