Impossible Mission sur DS est le remake du vieux jeu de plates-formes dans lequel vous incarnez un agent secret chargé de neutraliser le professeur Atombender avant qu'il ne parvienne à pirater le système informatique du gouvernement. 

Votre mission, si vous l'acceptez, est de récupérer des indices permettant d'atteindre le système central et de le détruire.