L'histoire se déroulera plusieurs centaines d'années après Final Fantasy XIII-2 dans un monde baptisé Nova Chrysalia.

L'action devra se passer en 13 jours sinon l'univers sera détruit. Il faudra alors essayer de gagner un maximum de temps et certaines missions ou personnages ne seront accessibles qu'à un certain moment. Le monde sera composé de 4 îles toutes reliées entre elles. L'une des îles se nomme Luxerion, la ville de la lumière. Les habitants y vouent un culte à Bhunivelze, dieu du cristal.