Dans Megadimension Neptunia VII sur PS4, Gamindustri est entré dans une ère précaire connue sous le nom de CPU Shift Period. Pendant cette période de trouble social, des rumeurs négatives sur les CPUs ont commencé à saturer Gamindustri.

Neptune et les autres craignent que les citoyens demandent très vite de nouveaux leaders pour les remplacer et que leur règne prenne fin. Dans ces moments critiques pour Planeptune, Neptune et Nepgear disparaissent mystérieusement. Leur destination : un monde parallèle, touchant à sa fin catastrophique, appelé la Dimension Zero.

Elles rencontrent le tout dernier CPU de ce monde, Uzume Tennouboshi, qui mène désespérément une bataille solitaire contre un méchant colossal connu sous le nom de Dark CPU. Neptune et Nepgear seront-elles capables de travailler avec Uzume afin de sauver la Dimension Zero de sa fin tragique ? Ainsi débute la nouvelle aventure de Neptune…