Naruto est un garçon de 12 ans assez turbulent. Il étudie à l'académie pour devenir un Ninja. C'est un vrai cancre. Malgré cela il a pour ambition de devenir un «maître Hokage», la plus haute distinction dans l'ordre des ninjas. Il fait équipe avec Sasuke, le meilleur élève de la promotion, et Sakura, une fille très intelligente dont il est amoureux. Sous la garde de Kakashi, un grand ninja, ils vont effectuer différentes missions.