Dans Persona 4, le joueur incarne un lycéen parti vivre chez son oncle, dans la petite ville rurale d'Inaba (ville imaginaire du Japon), qui est en ce moment secouée par des événements inquiétants : un meurtre survient chaque nuit de brouillard. Les victimes sont retrouvées perchées sur les antennes de télévision de la ville. La police est totalement dépassée par ces événements.

Le joueur va peu à peu découvrir qu'il existe un monde parallèle qui se trouve de l'autre côté des écrans de télévision, et que seules quelques personnes ont le pouvoir d'y accéder. Le héros, s'étant rendu accidentellement dans cet autre monde avec quelques amis, va rencontrer des "Shadows", des entités maléfiques qui vivent dans ce monde. C'est en les affrontant qu'il va réveiller sa persona.