Persona 5 se déroule à Tokyo, le joueur incarne un protagoniste silencieux après son transfert au lycée Shujin. Au cours de l'année scolaire, lui et d'autres étudiants vont éveiller leurs Persona et devenir des justiciers masqués surnommés les " voleurs Phantom of Hearts ". Ils vont alors explorer un royaume surnaturel appelé "Palace" pour voler la corruption qui réside dans le cœur des adultes.