Le joueur contrôle un vaisseau spatial qui se déplace horizontalement en bas de l'écran et qui peut tirer vers le haut. Les ennemis sont des oiseaux qui apparaissent au-dessus du vaisseau et qui l'attaquent en piquet. L'innovation tactique est un bouclier qui résiste à toutes les attaques. Cependant, le joueur ne peut pas se déplacer lorsque le bouclier est actif et il doit attendre environ cinq secondes avant de l'utiliser à nouveau.

Le joueur commence avec trois ou six vies selon les réglages.

Chaque niveau est composé de cinq phases. Les deux premières opposent le joueur à des escadrons d'oiseaux extraterrestres. Les deux suivantes font apparaître des œufs qui éclosent en révélant des oiseaux géants. La dernière est un combat de boss contre le vaisseau mère, contrôlé par un extraterrestre assis en son centre. Le vaisseau mère de Phoenix est l'un des premiers boss à apparaître dans les jeux d'arcade1.