Spy Hunter sur Nintendo 3DS vous met au volant de l'Interceptor G-6155, un véhicule ultrasophistiqué lancé sur les traces d'une organisation terroriste. L'Interceptor est capable de se transformer (voiture, 4x4 d'assaut, bateau à moteur) afin de s'aventurer sur différents terrains. Il est aussi possible de le personnaliser et de l'équiper en gadgets de haute-technologie, ainsi que de faire appel à un drone de renfort aérien.